Крупный водоем. Вода повышенной минерализации и щелочности, на дне обнаружены мин6еральные грязи. Озеро расположено на Зауральской равнине, в междуречье Миасса и Уя, относится к Еткульскому району. По своим размерам озеро является довольно крупным водоемом (площадь 5,2 кв.км), максимальная — около пяти метров. Озеро имеет правильную овальную форму, несколько вытянутую с севера на юг. Длина его — около трех, а средняя ширина—1,8 километра. Западный берег высокий, террасированный, высота его — 30—35 метров. На этом берегу раскинулся роскошный сосновый бор. К северу и югу берега понижаются. Озеро Большой Шантропай относится к бессточным водоемам. На долю осадков приходится 70—80 процентов поступающей в озеро влаги. Поверхностный приток с водосборной площади невелик, в связи с недостаточным увлажнением, равнинностью и небольшими размерами водосборной площади. Еще менее существенно подземное питание. Водоносный горизонт, питающий озеро, представлен отдельными линзами с ограниченными запасами грунтовых вод. Наличие засоленных почвогрунтов и бессточность озера; способствовали повышению минерализации озерных вод, которая в настоящее время достигает почти 15 граммов на литр. Вода относится к хлоридно-натриевому типу, щелочность ее повышена. На дне озера залегают минеральные грязи мощностью около метра. Еще более мощные иловые отложения характерны для лежащего с ним рядом озера Малый Шантропай. Общие запасы грязи превышают четыре миллиона кубометров. Грязи черного цвета, очень мягкие и пластичные, с незначительной засоренностью. По своим физическим и химическим свойствам они имеют большую лечебную ценность и с успехом используются больницами Еткуля, Коркино, Челябинска. Лечебными свойствами обладает и щелочная вода озера. Большие бальнеологические ресурсы озер Малый и Большой Шантропай могут служить надежной базой для организации большого грязевого курорта.